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脐带间充质干细胞通常按原代培养密度1:3的比例进行传代培养。传代培养至第3代，即可获得相当数量的UCMC。免疫细胞存储通过消化和传代培养细胞，可以淘汰非间充质干细胞，因此，传代培养的过程就是纯化间充质干细胞的过程。然而，长期在体外传代培养的UCMSC是否会衰老、突变等一直是人们关注的问题，也是影响细胞质量的深层次问题。国外对骨髓间充质干细胞体外长期培养研究发现：如果在体外连续传代培养60次以后就会观察到间充质干细胞衰老和自动向脂肪细胞分化。
笔者长期培养实验证明：在体外传代培养8次以内的脐带间充质干细胞安全性和活性是有保证的。连续传代8次以后，个别细胞会发生染色体变异。因此，体外传代培养第3~5代获得的 UCMSC不仅纯度高、活性好，更重要的是安全性高，细胞核型稳定性好。目前研究显示，体外培养的人骨髓间充质干细胞可发生自发转化，脂肪间充质干细胞传代培养后染色体发生改变，小鼠间充质干细胞经体外培养后，出现染色体畸变。
这些研究表明，不同来源的间充质干细胞经体外培养后，遗传学特性可能会发生改变。同时也有研究显示，小鼠骨髓间充质干细胞体外培养至50代仍未发生染色体改变。因此，免疫细胞存储在脐带间充质培养的过程中，必须监测其核型的稳定性，尤其是如果按照临床应用级别制备的 UCMSC注射液，则必须检验鉴定 UCMSC的染色体，预防遗传突变威胁到临床使用的安全性。
