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外泌体的鉴定是继分离后又一个困扰研究者的问题，一般研究者需要从三个不同的层面对外泌体进行鉴定：形态结构，大小，分子标记物。
从形态结构上来说，外泌体是30-150m大小的双层膜性囊泡。西安干细胞公司研究者需要利用透射电子显微镜对所提取的外泌体进行观测，典型的外泌体形态在电子显微镜下呈现通常为茶托形或一侧凹陷的半球形的立体结构，大小在30~150mm，并进一步用免疫胶体
电子显微镜下的外泌体呈现茶托形(箭头)，有时伴有非外泌体囊泡污染(三角)电镜观察外泌体形态操作流程为：取上述PBS悬浮液50u，向样品中滴入染色剂醋酸铀水溶液(1%，pH-=4.0)，混匀，用移液枪滴加1滴在复膜铜网上，自然干燥后在透射电子显微镜上进行观察，并拍摄电镜照片。
从外泌体的粒径大小来说，有三种方法都可以检测所得外泌体的大小：电镜，流式和纳米颗粒追踪技术(NTA)。有文献报道比较了这三种不同的测量方法，西安干细胞公司发现NTA技术在外泌体粒径检测方面优于其他两种方法。该技术的主要原理是纳米颗粒在溶液中做布朗运动，小颗粒运动速度大于大颗粒，通过扩散系数，可以通过记录每个颗粒的运动轨迹计算出来，并且是同时的，再通过托克斯-爱因斯坦方程计算出颗粒大小，根据所捕获的散射激光信号测定颗粒浓度。利用NTA检测技术分析所得外泌体的粒径分布和浓度通常会得到实验结果。
白特异性分子标记物的鉴定是外泌体鉴定的另外一个重要方面，可以采用流式、 western blot、质谱等方法来验证。外泌体作为细胞外囊泡的一种，需要和其他细胞外囊泡进行区别现将外泌体、微囊泡、西安干细胞公司内体和凋亡小体的分类和特征列举，将外泌体的蛋标志物进行分类，其中最常用的阳性标志物是CD9、CD63、CD81、Aix、hsp90、hsp70，同时选择TAPA1作为阴性标志物。
